Dù ở vai trò nào trong bất kỳ một giao dịch thì cũng cần có những lưu ý khi thực hiện thanh toán điện tử.[15]

Để sử dụng thanh toán điện tử, người dùng cần có tài khoản thương mại và thanh toán bằng thẻ tín dụng hoặc các loại thẻ ghi nợ bao gồm: Visa, Mastercard, American Express, Discover,... và cung cấp các thông tin cơ bản như họ tên, số điện thoại, số thẻ tín dụng, hạn sử dụng thẻ thanh toán,...

Đảm bảo được tính bảo mật:[16] Khi sử dụng thanh toán điện tử thì điều nên cân nhắc đó chính là điều khoản về bảo mật. Hiện tại các cổng thanh toán đều thiết lập nhiều bước nhằm đảm bảo thông tin của người sử dụng như: cài đặt mật khẩu mạnh, thay đổi mật khẩu định kỳ. Ngoài ra có nhiều hãng điện thoại cho ra đời những ứng dụng hỗ trợ thanh toán tích hợp với điện thoại nhằm tạo ra những giao dịch dựa trên thông tin của thẻ tín dụng để đảm bảo an toàn. Trong đó, hiện tại Samsung Pay là một trong những ứng dụng phổ biến và được tin dùng.[17]

Có rất nhiều đối tượng lừa đảo, tiếp cận khách hàng bằng nhiều hình thức nhằm truy cập vào được ví điện tử của khách hàng có thể là qua một tin nhắn, một website hoặc email,... để đánh cắp thông tin[18]. Hiện nay, các ngân hàng đang nỗ lực đầu tư vào công nghệ mới trong thanh toán điện tử và chúng ta cũng cần chung tay cảnh giác, chủ động phòng ngừa các hành vi gian lận.

Đặc biệt là đối với các doanh nghiệp thì cần phải đảm bảo tất cả những yếu tố sau: dịch vụ kiểm tra thẻ tín dụng, tài khoản thương mại, các công cụ phát triển website cũng như các phần mềm liên quan đến kiểm hàng, thanh toán và đóng gói hàng để đảm bảo tốt nhất cho hệ thống thanh toán của doanh nghiệp.